但之后苏俄发现中国的新科技研发是由他们的科学家云茹主导的，而她已经研发出了强大的百夫长攻城机甲。

拉丁同盟前往克什米尔绞杀云茹，而厄普西隆部队也已经抵达了那里。

最终，拉丁同盟占领了云茹的中枢计算机，但随后克什米尔却毁于核爆——云茹得到了在中苏交战期间被掩埋的最后一枚MIDAS弹头，这场爆炸杀死了莫拉莱斯以及各方的大量士兵（苏联20：惧之路）。

云茹在逃离苏军的围攻后，又被厄普西隆军队再次定位。

天秤使用反重力场摧毁了百夫长攻城机甲，并前去追击云茹，但云茹使用EMP将天秤的CAS装置干扰，使其失去理智并进入暴走状态（厄普西隆20：机械首脑）。

厄普西隆军队不得不在与中国军队的恶战中回收暴走状态中的天秤（厄普西隆特殊行动：血怒）。

此时，云茹的计划也开始进行，新型人工智能沃克网也已上线。

为了对抗真正的敌人尤里，以及在种种原因的影响下中国已将云茹等人视为叛徒，云茹的部队被迫脱离了中国，组建了“大反抗军”，并协助云茹逃离克什米尔地区（焚风01：背井离乡）。

亚太地区的太平洋阵线残军受厄普西隆侵略的影响再次被迫放弃领地。

所幸，伦敦幸存者收到了他们的求救信号，并联合在巴拿马运河展开了一场护送行动进行会合（盟军特殊行动：殊途同归），并前去保护了早期位于维尔京群岛的天气控制机的研发，合力击退了心灵军团的进攻（盟军19：风暴使者）。

此后位于圣胡安的美军部队向盟军大部队求救，太平洋阵线前去掩护这支美军部队撤离（盟军合作任务：低温）。

雷泽诺夫和库可夫上校得知了萨拉戈萨要塞陷落的消息，并前去摧毁了被污染的克隆缸，阻止了病毒蔓延（苏联合作任务：沉醉）。

克什米尔的核爆和云茹的叛逃导致中国的实力遭到了极大削弱，不仅本土沿海和中亚控制区被厄普西隆军趁虚而入侵占（厄普西隆合作任务：科技封锁），中国控制下的日本也遭遇严重侵略（厄普西隆特殊行动：转瞬即逝）。

损失惨重的中国现在已没有精力发起任何军事行动，包括干扰厄普西隆的计划。

天秤在恢复理智之后揭露了拉什迪的背叛行径，气愤的尤里决定惩治拉什迪和他的追随者。

尤里本想用增幅器来控制天蝎组织，但是增幅器随之便被天蝎组织摧毁，于是他迅速派出天秤和拉恩去斩草除根，剿灭拉什迪（厄普西隆21：黑曜石沙海）。

然而，尽管比绍的大本营已经化为了废墟，绝大多数天蝎组织都依旧在不停地与厄普西隆军抗争。

更糟糕的是，随着悖论引擎的南下，尤里在非洲部署的心灵控制增幅器也接二连三地被摧毁。

不久之后，厄普西隆追查到了天蝎组织研发的神经毒素，并派出部队去摧毁其研发设施（厄普西隆合作任务：绝命毒师）。

在亚洲，厄普西隆对云茹的追击依旧没有停止，为了让云茹摆脱中国和厄普西隆的追捕，大反抗军夺取了位于哈萨克斯坦的铁翼喷气机，使云茹安全撤离（焚风02：亡命之徒）。

尽管遭受了重大损失，苏俄在“中国战役”中仍旧赚得盆满钵满，并将大部队调往了失去盟军威胁的欧洲。

借助中国的科技将遍布欧洲的卫星系统重新连接，苏联还定位了在瑞典雪地中的厄普西隆航天区，占领了火箭发射台并将目标转向被发现的尤里月球基地（苏联21：熔毁）。

厄普西隆随后启动了位于亚马逊热带雨林的心灵控制增幅器，想要夺取天气控制机，他们还准备了两个核弹发射井作为保险措施。

谭雅和友川纪夫被传送到那里，摧毁了发射井和增幅器（盟军20：偏执狂）。

同时盟军发现了心灵军团和天蝎组织之间的冲突，他们派出了一支分队前往安哥拉收集资源（盟军特殊行动：金属盛宴）。

在亚马逊雨林的行动之后，来自圣胡安的美军和那支派去营救他们的太平洋阵线部队在巴西圣路易斯解除了对悖论引擎的第二次核威胁（盟军特殊行动：交通管制）。

由于在比绍重建心灵控制增幅器的计划受到了悖论引擎的破坏，尤里派出了拉恩去重启位于扎伊尔的最后一个增幅器，在那里他与当地的厄普西隆部队一起成功地保护了心灵控制增幅器运作，控制了非洲天蝎组织剩余的反叛者（厄普西隆特殊行动：夜行者）。

这一行动彻底打败了天蝎组织，但是马尔翁秘密地从利比亚的被心灵控制的天蝎组织基地中回收了足够数量的神经毒素（厄普西隆特殊行动：劫后余生），并带领少数未被控制的天蝎组织残部躲藏了起来。

盟军发现了一座位于开普敦的大型厄普西隆海军基地，而这里也是厄普西隆的联络枢纽。

盟军集中了所有的剩余部队，对这里展开了大规模的进攻。

最终这里的厄普西隆被击溃，而承载了大量情报的主控旋塔也被盟军所占领（盟军21：毫不留情）。

通过这些情报，盟军发现了尤里位于南极的最终基地。

此时盟军已经所剩不多，而心灵军团又摧毁了悖论引擎的备用电池（厄普西隆合作任务：背刺）。

盟军决定孤注一掷，让全军和悖论引擎向南极进发。

借助悖论引擎的能力，盟军成功突破了南极洲的第一道防线（盟军22：极昼）。

但前景不容乐观：尤里的终极武器正在干扰他们的通讯，悖论引擎也无法长时间支撑。

盟军部队只得各自为战，向位于极点的厄普西隆核心基地推进。

在云茹逃离后，中国开始怀疑内部出现了叛徒，并封锁了所有被他们占领的金川工业设施以防止泄露。

云茹只得亲自前往日本回收粒子撞击炮科技，并协助那里的太平洋阵线盟友对抗厄普西隆（焚风03：帝国飘摇）。

这场战斗中获得的情报表明了各方的动向，距离尤里完成他计划的时间已所剩无几。

日本的一些太平洋阵线部队也加入大反抗军，并前往白令海以准备下一步行动。

苏军使用夺回的火箭发射台登陆了月球，并摧毁了厄普西隆的月球基地（苏联22：地出）。

盟军在向南极深处进发的过程中发现了厄普西隆的不明用途克隆人，并将其逮捕以用于研究（盟军特殊行动：永眠）。
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